Para eliminar el virus debe iniciar con terminar el proceso wscript.exe corriendo. Abre el administrador de tareas y terminalo. Despues limpia la USB, despues tienes que abrir el registro (regedit.exe) hkey current user==>Software==>Microsoft==>Windows==>Current Version==>Run
Una vez aqui eliminas todas las rutas con archivos que terminen en .vbs
Una vez echo esto tienes que ir a la carpeta
C:\Users\TU USUARIO\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
Das click en opciones de carpeta y mostrar elementos ocultos. Una vez echo esto, eliminas los archivos con extension .vbs que te hayan aparecido. 

Finalmente tienes que abrir msconfig y te vas a inicio y todos los programas que terminen por .vbs los quitas del startup. 

Si haces todos estos pasos te garantizo que te libras del virus.
Un Saludo. 

PD: Dices que a los 3 segundos vuelven a crearse los accesos directos, eso es porque tienes el virus corriendo y esta programado para cada 3 segundos copiarse al pen por casos como este de los que el usuario se intenta librar y no puede.
PD2: Es probable que tengas la cpu al 100%, fijate